สมาคมคริสเตียนใจอาสา แบ่งการบริหารจัดการงานออกเป็น 2 ส่วน
1. ส่วนสำนักงาน
รับผิดชอบงานด้านส่วนกลาง เพื่อการสนับสนุนเจ้าหน้าในการดำเนินงานตามส่วนงานตามภูมิภาคต่าง ๆ ทั่ว
ประเทศ เพื่อให้สามารถดำเนินงานอย่างมีประสิทธิภาพ ซึ่งแบ่งเป็นงาน เลขานุการ บุคคล บัญชีการเงิน
ประชาสัมพันธ์ มีจำนวน จำนวน 5 คน
2. ส่วนงานส่งเสริมพันธกิจ
รับผิดชอบงานด้านพัฒนาคุณภาพชีวิต คุณธรรม จริยธรรม และการช่วยเหลือบรรเทาทุกข์ มีเจ้าหน้าที่จำนวน 8 คน
โดยมีกรรมการบริหาร ผู้อำนวยการสมาคมฯ เป็นผู้มอบนโยบาย กำกับการดำเนินงาน ในแต่ละส่วนงาน ให้ขับเคลื่อนตาม นโยบายและดำเนินการตามแผนงานที่ได้วางไว้
พนักงาน จำนวน 12 คน
- เจ้าหน้าที่สำนักงานจำนวน 5 คน
- เจ้าหน้าฝ่ายพัฒนาคุณภาพชีวิตจำนวน 5 คน
- เจ้าหน้าที่โครงการจำนวน 2 คน